Vào cuối thế kỷ 16 và đầu thế kỷ 17, hãn quốc Moghul tại Kashgar đã trải qua một thời kỳ tản quyền, với một số tiểu hãn quốc nổi lên với các trung tâm tại Kashgar, Yarkant, Aksu và Khotan. Cùng lúc đó, các hãn ngày cảng từ bỏ quyền thế tục cho các khoja, cho đến khi họ có quyền lãnh đạo thực sự đối với Kashgaria. Các khoja bị phân chia thành hai phái: Aq Taghlik và Kara Taghlik. Tình trạng này kéo dài đến thập niên 1670, khi các hãn Moghul dường như đã cố gắng để tái khẳng định quyền lực của mình bằng việc trục xuất lãnh đạo của Aq Taghlik.[39] Aq Taghlik phản ứng bằng cách yêu cầu trợ giúp từ người Dzungar (tức người Oirat); người Dzungar đã xâm chiếm Kashgaria, giam cầm hãn, và thiết lập Aq Taghlik tại Kashgar. Họ cũng đã giúp Aq Taghlik chiến thắng Kara Taghlik tại Yarkand. Một thời gian ngắn sau đó, vương quốc của người Moghul tại Turpan và Hami cũng bị người Dzungar chinh phục.[40] Lòng chảo Tarim rơi vào tay người Dzungar cho đến khi bị nhà Thanh xâm chiếm vào giữa thế kỷ 19.[41]